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Jul 11, 2023

Bruker lance le spectromètre de masse timsTOF Ultra avec sensibilité transformatrice, 300 Hz PASEF MS/MS et VistaScan™ pour un diamètre amélioré

Publié : 05 juin 2023 timsTOF Ultra Nouvelles avancées

Publié: 05 juin 2023

timsTOF Ultra fait progresser davantage la 4D-protéomique et la 4D-lipidomique™, l'immunopeptidomique, la PTM et l'analyse des interactions protéine-protéine quantitatives spatiales et unicellulaires - avec rapidité et robustesse

HOUSTON--(BUSINESS WIRE)-- Lors de la 71e réunion ASMS, Bruker Corporation (Nasdaq : BRKR) a annoncé une sensibilité transformatrice sur la plate-forme 4D-Proteomics timsTOF avec le lancement du nouveau spectromètre de masse timsTOF Ultra. Il intègre une nouvelle source d'ions Ultra Captive Spray Ionization (CSI) avec un capillaire plus grand et un flux de gaz vortex optimisé, une nouvelle cellule XR TIMS (séparation de la mobilité des ions piégés) de 4e génération et un numériseur 14 bits. Le timsTOF Ultra peut identifier plus de 55 000 peptides cartographiés en 5 000 groupes de protéines au niveau d'une seule cellule de charge protéique de 0,125 ng, à 1 % de FDR, et plus de 4 800 groupes de protéines quantifiés à des CV < 20 %. Cette sensibilité et ces performances de quantification révolutionnaires en dessous du niveau de charge protéique de 1 ng établissent une nouvelle référence. Une sensibilité inégalée, avec la robustesse éprouvée de la plate-forme timsTOF, et avec le cycle d'utilisation PASEF maintenant jusqu'à 300 Hz pour MS/MS, offre d'autres améliorations significatives des performances pour des quantités d'échantillons ultra-faibles, y compris la protéomique unicellulaire et la lipidomique unicellulaire impartiales , la protéomique spatiale impartiale, l'immunopeptidomique, la phosphoprotéomique, l'analyse PTM et les études d'interaction protéine-protéine (PPI).

Ce communiqué de presse est multimédia. Consultez le communiqué complet ici : https://www.businesswire.com/news/home/20230605005326/en/

Spectromètre de masse timsTOF Ultra (Photo : Business Wire)

Le Dr Fabian Coscia, chef de groupe pour la protéomique spatiale au Max Delbruck Center, Berlin, Allemagne, a déclaré : « Le flux de travail dia-PASEF à sensibilité unicellulaire sur le timsTOF Ultra a amené notre recherche en protéomique tissulaire à faible apport à un nouveau niveau. En utilisant un gradient LC nanoflow de 20 minutes combiné à la méthode dia-PASEF optimisée de Bruker (fenêtre 3x8), nous pouvons désormais quantifier de manière reproductible 1 500 à 2 000 protéines à partir de tissu FFPE de foie de souris micro-disséqué au laser de seulement 1 500 µm2, régions correspondant à environ 1- 2 hépatocytes."

Ces avancées timsTOF Ultra ont été réalisées sans compromettre l'excellente robustesse pour la protéomique à haut débit, par exemple, à 50 échantillons par jour (SPD), ou même jusqu'à 398 SPD, ni la plus haute confiance d'identification de <1 % de peptide et <1 % protéines FDR (taux de fausse découverte), évitant la réactivité croisée observée avec les méthodes de reconnaissance immunitaire ciblées.

Le professeur Dr. Karl Mechtler, responsable de la protéomique au pôle d'innovation de l'Institut de recherche en pathologie moléculaire (IMP), de l'Institut Gregor Mendel (GMI) et de l'Institut de biotechnologie moléculaire de l'Académie autrichienne des sciences (IMBA), a ajouté : « Pour comprendre vraiment les mécanismes cellulaires et les maladies, il est crucial de différencier les différents types de cellules Bien que l'analyse d'une seule cellule ait changé la donne, nous sommes confrontés à des obstacles pour maximiser son potentiel de débit et de groupes de protéines pouvant être analysés Cela aurait un sens biologique pour détecter 6000 protéines ou plus dans une expérience unicellulaire. Le timsTOF Ultra a surmonté ces barrières, nous permettant d'explorer le protéome de cellules individuelles à une vitesse et une sensibilité inégalées. Grâce au timsTOF Ultra, l'analyse unicellulaire a atteint de nouveaux sommets , et j'ai hâte de voir où cette percée nous mènera ensuite."

Bruker présente également le logiciel VistaScan pour synchroniser la rampe TIMS avec le balayage quadripolaire afin de bénéficier davantage des informations sur la mobilité ionique à grande échelle. Cette rampe liée dynamique sophistiquée prend en charge le nouveau mode Midia-PASEF, introduit par Stefan Tenzer (doi.org/10.1101/2023.01.30.526204).

Le Dr Stefan Tenzer, professeur de protéomique quantitative et directeur de MS Core Facility, Johannes Gutenberg University Mayence, a déclaré : « Notre laboratoire se concentre sur les méthodes de protéomique quantitative qui nécessitent une sensibilité et une extraction d'informations optimales. En collaboration avec Bruker, nous avons développé le nouveau maximum information dia (midia) Mode d'acquisition par balayage PASEF qui offre une sensibilité d'acquisition indépendante des données (dia), tout en transformant les données en spectres de type acquisition dépendante des données (dda) Le potentiel midia-PASEF pour l'immunopeptidomique et la phosphoprotéomique est particulièrement excitant. "

Bruker a obtenu une licence exclusive Midia-PASEF de l'Université Johannes Gutenberg de Mayence et prévoit de lancer Midia-PASEF en tant que produit en 2023. Le timsTOF Ultra est équipé des capacités d'acquisition VistaScan requises.

De plus, le timsTOF Ultra dispose d'un mode d'acquisition dda-PASEF encore amélioré, augmentant la vitesse à 300 Hz pour jusqu'à 18 000 spectres MS/MS activés par collision (CCS) par minute pour permettre une protéomique 4D approfondie et 4D-Lipidomics / 4D-Metabolomics avec des gradients LC très courts de quelques minutes seulement.

Ionisation par pulvérisation captive (CSI) Ultra

La source d'ions CSI Ultra de Bruker, essentielle pour la plus grande sensibilité au nanoflux, a été encore optimisée pour le timsTOF Ultra en concentrant le gaz vortex à la pointe du nanospray pour améliorer la transmission des ions. Le vortex assure l'ionisation à travers les gradients pour des débits de 50-5000 nL/min.

Le Dr Christof Lenz, responsable du Core Facility Proteomics à l'Universitätsmedizin Göttingen, a commenté : « L'installation de la nouvelle source CSI est devenue encore plus simple, et nous pouvons désormais littéralement échanger des colonnes et des émetteurs en une minute, avec des performances identiques ou supérieures. De plus, la nouvelle conception vissée permet de positionner et d'aligner l'émetteur sans avoir besoin d'un réglage manuel. J'aime ça, et surtout, les techniciens de mon laboratoire l'apprécient !"

Émetteur microFlow pour la protéomique 4D à haut débit

La source d'ions à succès VIP-HESI de Bruker est désormais équipée de nouvelles capacités d'émetteur microFlow. Cela permet une ionisation efficace à des débits microflux et analytiques LC, en tirant parti de la sensibilité, de la robustesse et de la vitesse ultra-élevées de la plate-forme timsTOF.

Le Dr Johanna Tüshaus du laboratoire Küster de l'Université technique de Munich a déclaré : "Pour planifier un projet de protéomique cérébrale à grande échelle, nous avions besoin d'une configuration LC-MS/MS rapide, sensible et robuste. Couplage de notre technologie LC à micro-flux bien établie via la source VIP-HESI au timsTOF HT s'est avéré être une combinaison puissante. Il permet une couverture profonde du protéome à l'aide de gradients courts, liant ainsi vitesse et sensibilité. Le développement de l'émetteur ESI 50 µm a été essentiel pour augmenter la sensibilité de notre micro -configuration de flux LC timsTOF."

Le Dr Mukul Midha, Ph.D., chercheur scientifique au Moritz Lab, Institute for Systems Biology, Seattle, a ajouté : « Pour mener une protéomique quantitative à grande échelle, il est essentiel de disposer de conditions d'électrospray hautement stables. Le Bruker VIP-HESI La source offre la reproductibilité pour les échantillons de plasma complexes. Les connexions de la source sont simples, les paramètres faciles à optimiser et la stabilité de la pulvérisation est superbe. Ces améliorations augmentent le débit d'échantillons, atteignent une disponibilité de 100 % et une quantification stable et précise des protéines.

Capacité de CQ en temps réel dans le logiciel Bruker ProteoScape avec le kit Biognosys iRT

Bruker présente le logiciel 4D-Proteomics ProteoScape pour l'analyse en temps réel alimentée par GPU avec de nouvelles capacités de contrôle qualité (CQ) à l'aide du kit Biognosys iRT. Le kit contient onze peptides synthétiques non naturels, conçus pour la stabilité, la sensibilité, l'espacement des temps de rétention et l'activation CCS pour assurer une surveillance optimale des performances du système en temps réel.

Le Dr Eduardo Chicano-Gálvez, chef de l'unité IMIBIC de spectrométrie de masse et d'imagerie moléculaire, hôpital Reina Sofia, Université de Cordoue, Espagne, a déclaré : « Le module de contrôle de la qualité (CQ) surveille en temps réel, garantissant le bon fonctionnement de notre plateforme, et de précieux échantillons cliniques ne sont pas perdus. Nous sommes désormais en mesure de passer de l'échantillon aux résultats sur des projets de protéomique clinique à grande cohorte en peu de temps, en maintenant la sensibilité, la robustesse, la traçabilité et la qualité analytique.

Le logiciel Bruker ProteoScape intègre également des outils tiers, y compris le package BPS Novor pour un séquençage de novo rapide, précis et précis pour l'immunopeptidomique et la méta-protéomique, où les informations de clivage enzymatique spécifiques typiques ne sont pas disponibles. Tous les utilisateurs actuels du logiciel Bruker PaSER se verront proposer des mises à niveau vers Bruker ProteoScape.

Le laboratoire SCiLS intègre l'annotation MetaboScape® pour la biologie spatiale multiomique

SCiLS Lab 2024 inclut désormais l'annotation des métabolites et des lipides à l'aide de l'annotation MetaboScape, ainsi que des améliorations dans la recherche de caractéristiques 4D compatible CCS pour accélérer la biologie spatiale des tissus multiomiques. SCiLS Lab 2024 offre un flux de travail multiomique intégré, combinant l'analyse des protéines MALDI HiPLEX-IHC avec l'analyse des lipides, des métabolites et des glycanes du même tissu, y compris l'auto-segmentation et le profilage statistique.

Le Dr Erin H. Seeley, Ph.D., directeur de l'installation d'imagerie par spectrométrie de masse, département de chimie, Université du Texas à Austin, a déclaré : « La nouvelle recherche de fonctionnalités 4D dans SCiLS Lab se concentre sur les informations pertinentes dans notre MALDI compatible CCS. Études d'imagerie. Cela accélère considérablement nos flux de travail d'imagerie MS et permet d'évaluer efficacement les échantillons de tissus. L'intégration dans SCiLS Lab permet plus facilement que jamais de tirer le meilleur parti de notre timsTOF fleX."

MetaboScape 2024 prend désormais également en charge l'analyse semi-quantitative à l'aide d'étalons de lipides marqués par des isotopes stables et l'intégration du Mass Spec Query Language (MassQL), un langage spécifique à un domaine piloté par la communauté de la métabolomique.

Le logiciel OligoQuest™ 2.0 ajoute la possibilité de modifications personnalisées d'oligonucléotides

La nouvelle version d'OligoQuest 2.0 offre une caractérisation améliorée de l'ARN et des oligonucléotides permettant la confirmation de la séquence des produits de pleine longueur (FLP) ainsi que des produits secondaires par masse intacte et analyse MS/MS. De plus, la solution OligoQuest confirme les séquences d'ARN modifiées et les échanges de bases dans les oligonucléotides isomères. Les clients peuvent personnaliser leur "alphabet" d'oligonucléotides pour indiquer des modifications standard ou personnalisées.

Le Dr Fritz Schweikart, Développement pharmaceutique/AstraZeneca, Göteborg, a commenté : "Avec OligoQuest, nous avons enfin entre les mains un outil d'évaluation attendu depuis longtemps, qui simplifie énormément, voire nous permet d'analyser en profondeur les données MS/MS de nos laboratoires pharmaceutiques. Oligonucléotides antisens (ASO). La dégradation chimique peut désormais être analysée facilement et l'examen manuel des données MS/MS appartient au passé. L'interaction de l'utilisateur avec la version bêta testée est remarquablement simple et directe par rapport aux algorithmes complexes d'appariement de masse qui se produisent en arrière-plan. ."

À propos de Bruker Corporation (Nasdaq : BRKR)

Bruker permet aux scientifiques de faire des découvertes révolutionnaires et de développer de nouvelles applications qui améliorent la qualité de la vie humaine. Les instruments scientifiques de haute performance de Bruker et ses solutions analytiques et diagnostiques de grande valeur permettent aux scientifiques d'explorer la vie et les matériaux aux niveaux moléculaire, cellulaire et microscopique. En étroite collaboration avec nos clients, Bruker permet l'innovation, l'amélioration de la productivité et la réussite des clients dans la recherche en biologie moléculaire et cellulaire des sciences de la vie, dans les applications appliquées et pharmaceutiques, dans la microscopie et la nanoanalyse, ainsi que dans les applications industrielles. Bruker propose des systèmes et des solutions de diagnostic et de sciences de la vie différenciés et de grande valeur dans les domaines de l'imagerie préclinique, de la recherche en phénomique clinique, de la protéomique et de la multiomique, de la biologie spatiale et unicellulaire, de la biologie fonctionnelle structurelle et des condensats, ainsi que de la microbiologie clinique et du diagnostic moléculaire. Veuillez visiter www.bruker.com.

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Contact médias Petra SchefferBruker Daltonics Marketing CommunicationsT: +49 (421) 2205-2843E: [email protected]

Relations avec les investisseurs Contactez Justin WardSr. Director Investor Relations & Corp DevelopmentT: +1 (978) 313-5800E: [email protected]

Source : Bruker Corporation

Spectromètre de masse timsTOF Ultra (Photo : Business Wire)

Captive Spray Ionization (CSI) Ultra (Photo : Business Wire)

Logiciel ProteoScape avec kit Biognosys iRT (Graphique : Business Wire)

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