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Jan 28, 2024

Bruker lance le spectromètre de masse timsTOF Ultra avec une sensibilité transformatrice

Par Heather Hall | 8 juin 2023 Lors de la 71e réunion de l'ASMS, Bruker Corporation

Par Heather Hall | 8 juin 2023

Lors de la 71e réunion ASMS, Bruker Corporation a annoncé une sensibilité transformatrice sur la plate-forme 4D-Proteomics timsTOF avec le lancement du nouveauSpectromètre de masse timsTOF Ultra . Il intègre une nouvelle source d'ions Ultra Captive Spray Ionization (CSI) avec un capillaire plus grand et un flux de gaz vortex optimisé, une nouvelle cellule XR TIMS (séparation de la mobilité des ions piégés) de 4e génération et un numériseur 14 bits. LetimsTOF Ultra peut identifier plus de 55 000 peptides cartographiés en 5 000 groupes de protéines au niveau d'une seule cellule d'une charge de protéines de 0,125 ng, à 1 % de FDR, et plus de 4 800 groupes de protéines quantifiés à des CV < 20 %. Cette sensibilité et ces performances de quantification révolutionnaires en dessous du niveau de charge protéique de 1 ng établissent une nouvelle référence. Une sensibilité inégalée, avec la robustesse éprouvée de la plate-forme timsTOF, et avec le cycle d'utilisation PASEF maintenant jusqu'à 300 Hz pour MS/MS, offre d'autres améliorations significatives des performances pour des quantités d'échantillons ultra-faibles, y compris la protéomique unicellulaire et la lipidomique unicellulaire impartiales , la protéomique spatiale impartiale, l'immunopeptidomique, la phosphoprotéomique, l'analyse PTM et les études d'interaction protéine-protéine (PPI).

"Le flux de travail dia-PASEF à sensibilité unicellulaire sur le timsTOF Ultra a amené notre recherche en protéomique tissulaire à faible apport à un nouveau niveau. Utilisation d'un gradient LC nanoflow de 20 minutes combiné à la méthode dia-PASEF optimisée de Bruker (fenêtre 3 × 8) , nous pouvons désormais quantifier de manière reproductible 1 500 à 2 000 protéines à partir de tissus FFPE de foie de souris micro-disséqués au laser de seulement 1 500 µm2, des régions correspondant à environ 1 à 2 hépatocytes », a déclaré le Dr Fabian Coscia, chef de groupe pour la protéomique spatiale au Max Delbruck Center , Berlin.

Ces avancées timsTOF Ultra ont été réalisées sans compromettre l'excellente robustesse pour la protéomique à haut débit, par exemple, à 50 échantillons par jour (SPD), ou même jusqu'à 398 SPD, ni la plus haute confiance d'identification de <1 % de peptide et <1 % de protéines FDR (taux de fausses découvertes), évitant la réactivité croisée observée avec les méthodes de reconnaissance immunitaire ciblées.

« Pour vraiment comprendre les mécanismes cellulaires et les maladies, il est crucial de différencier les différents types de cellules. Bien que l'analyse d'une seule cellule ait changé la donne, nous sommes confrontés à des obstacles pour maximiser son potentiel de débit et de groupes de protéines pouvant être analysés. sens biologique pour détecter 6000 protéines ou plus dans une expérience unicellulaire. Le timsTOF Ultra a surmonté ces barrières, nous permettant d'explorer le protéome de cellules individuelles à une vitesse et une sensibilité inégalées. Grâce au timsTOF Ultra, l'analyse unicellulaire a atteint de nouveaux sommets, et je suis ravi de voir où cette percée nous mènera ensuite », a déclaré le professeur Dr Karl Mechtler, responsable de la protéomique au centre d'innovation de l'Institut de recherche en pathologie moléculaire (IMP), Gregor Mendel Institute (GMI), et l'Institut de biotechnologie moléculaire de l'Académie autrichienne des sciences (IMBA).

Bruker présente égalementVistaScan logiciel pour synchroniser la rampe TIMS avec le balayage quadripolaire afin de bénéficier davantage des informations de mobilité ionique à grande échelle. Cette rampe liée dynamique sophistiquée prend en charge le romanmédia-PASEFmode, introduit par Stefan Tenzer.

"Notre laboratoire se concentre sur les méthodes de protéomique quantitative qui nécessitent la sensibilité la plus élevée et l'extraction d'informations la plus élevée. En collaboration avec Bruker, nous avons développé le nouveau mode d'acquisition par balayage PASEF maximum information dia (midia) qui offre une sensibilité d'acquisition indépendante des données (dia), tout en transformant les données en spectres de type acquisition dépendante des données (dda). Le potentiel midia-PASEF pour l'immunopeptidomique et la phosphoprotéomique est particulièrement excitant », a déclaré le Dr Stefan Tenzer, professeur de protéomique quantitative et responsable de MS Core Facility, Université Johannes Gutenberg de Mayence .

Bruker a une licence exclusivemédia-PASEFde l'Université Johannes Gutenberg de Mayence et prévoit de sortirmédia-PASEFen tant que produit en 2023. Le timsTOF Ultra est équipé desVistaScancapacités d'acquisition.

De plus, le timsTOF Ultra dispose d'un mode d'acquisition dda-PASEF encore amélioré, augmentant la vitesse à 300 Hz pour jusqu'à 18 000 spectres MS/MS activés par collision (CCS) par minute pour permettre une protéomique 4D approfondie et 4D-Lipidomics / 4D-Metabolomics avec des gradients LC très courts de quelques minutes seulement.